BIODIVERSITE / Qu’est-ce que la défaunation et quelles en sont les conséquences ?

vec 1)) a défaunation désigne le processus de déclin massif, voire de disparition, des populations animales dans un écosystème, qu’il s’agisse d’espèces locales, régionales ou globales. Ce phénomène ne se limite pas aux extinctions définitives (la disparition totale d’une espèce), mais inclut également les réductions drastiques d’abondance et les pertes fonctionnelles – c’est-à-dire la disparition du rôle écologique qu’une espèce jouait autrefois. Contrairement aux extinctions de masse géologiques, qui s’étalent sur des millions d’années, la défaunation actuelle est ultra-rapide (quelques décennies) et synchronisée à l’échelle planétaire, touchant simultanément les forêts tropicales, les océans, les savanes et les zones tempérées. Les causes sont principalement anthropiques : surexploitation (chasse, pêche industrielle), destruction des habitats (déforestation, urbanisation), changement climatique, pollution (pesticides, plastiques) et introduction d’espèces invasives. Selon une étude publiée dans Science en 2014, les vertébrés ont vu leurs populations chuter en moyenne de 58 % entre 1970 et 2012, avec des pointes à 80 % pour les espèces d’eau douce. Les invertébrés, bien que moins étudiés, subissent des déclins encore plus brutaux, comme en témoigne la disparition de 75 % de la biomasse d’insectes volants en Allemagne en moins de 30 ans.
Conséquences écologiques : l’effondrement des réseaux du vivant
1. Déséquilibres trophiques et proliférations en cascade

Les animaux jouent des rôles clés dans la régulation des écosystèmes. Leur disparition déclenche des effets en cascade qui peuvent transformer radicalement un milieu. Par exemple, la raréfaction des grands prédateurs (loups, lions, requins) entraîne une surcharge des herbivores, qui surconsomment alors la végétation. Aux États-Unis, l’éradication des loups dans le parc de Yellowstone au XXe siècle a permis aux wapitis de proliférer, entraînant une surpâturage des saules et des peupliers, ce qui a à son tour fait disparaître les castors (dépendants de ces arbres pour construire leurs barrages). Le retour des loups dans les années 1990 a rétabli partiellement l’équilibre, prouvant que ces espèces, appelées « ingénieurs écologiques », structurent leur environnement bien au-delà de leur simple présence.
À l’inverse, la disparition des herbivores peut aussi avoir des effets dévastateurs. En Afrique, le déclin des éléphants de forêt (à cause du braconnage pour l’ivoire) réduit la dispersion des graines de grands arbres, favorisant la prolifération de lianes et d’arbustes au détriment des forêts matures, moins riches en carbone et en biodiversité.
2. Perturbation des cycles biogéochimiques

Les animaux contribuent activement aux cycles de la matière. Les vers de terre, par exemple, aèrent les sols et recyclent les nutriments ; leur déclin (lié aux pesticides et au labour intensif) appauvrit la fertilité des terres agricoles. Dans les océans, la surpêche des poissons mésopélagiques (comme les myctophidés) réduit le pompage biologique du carbone : ces espèces, en migrant chaque nuit vers la surface pour se nourrir, transportent du carbone vers les profondeurs. Leur disparition affaiblit ce mécanisme, accélérant l’acidification des océans.
Plus spectaculaire encore est le cas des mégaherbivores (éléphants, rhinocéros, hippopotames). En Afrique, leur déclin a réduit de 50 % la quantité de fumier déposée dans les savanes, privant les sols d’un engrais naturel et modifiant la composition chimique des écosystèmes. Une étude publiée dans Nature en 2020 estime que la disparition des grands mammifères a déjà diminué de 12 % la capacité des écosystèmes terrestres à stocker le carbone, aggravant ainsi le changement climatique.
3. Effondrement des services écosystémiques

Les conséquences de la défaunation se répercutent directement sur les sociétés humaines, via la perte de services écosystémiques essentiels :

    Pollinisation : 75 % des cultures mondiales dépendent en partie des animaux pollinisateurs (abeilles, papillons, chauves-souris). Leur déclin menace la production de fruits, légumes et oléagineux, avec un coût économique estimé à 235–577 milliards de dollars par an (IPBES, 2016).
    Contrôle des ravageurs : Les oiseaux et les chauves-souris insectivores régulent naturellement les populations de moustiques et de coléoptères nuisibles. Leur disparition force les agriculteurs à augmenter l’usage de pesticides, créant un cercle vicieux. En Indonésie, la disparition des chauves-souris a entraîné une explosion des populations de teignes, ravageurs des cacaoiers, coûtant 730 millions de dollars par an à l’industrie.
    Épuration des eaux : Les moules et les huîtres filtrent les polluants des milieux aquatiques. Leur effondrement (dû à la surpêche et à la pollution) a conduit à la prolifération d’algues toxiques, comme dans la mer Baltique, où les zones mortes (privées d’oxygène) se sont étendues de 10 000 km² depuis 1950.
    Régulation des maladies : La défaunation favorise les espèces généralistes (rongeurs, oiseaux urbains) qui sont souvent réservoirs de pathogènes. Aux États-Unis, le déclin des prédateurs comme les coyotes a permis aux cerfs de pulluler, augmentant les cas de maladie de Lyme (transmise par les tiques qu’ils transportent). En Amazonie, la fragmentation forestière favorise les moustiques porteurs de la malaria, autrefois contrôlés par les prédateurs naturels.

Conséquences évolutives : une biodiversité appauvrie et standardisée

La défaunation ne se contente pas de réduire le nombre d’individus : elle altère les traits génétiques et comportementaux des espèces survivantes. Par exemple, les poissons surexploités (comme la morue de l’Atlantique) voient leur taille moyenne diminuer, car les individus les plus gros, ciblés par la pêche, sont éliminés avant de se reproduire. Ce phénomène, appelé « évolution par la pêche », réduit la résilience des populations face aux changements environnementaux.
Plus largement, la défaunation favorise les espèces généralistes et opportunistes (rats, étourneaux, méduses) au détriment des espèces spécialisées, menant à une homogénéisation biotique : les écosystèmes du monde entier se ressemblent de plus en plus, dominés par un petit nombre d’espèces tolérantes aux perturbations. Une étude publiée dans PNAS (2017) montre que les communautés d’oiseaux urbains sont aujourd’hui 75 % plus similaires entre continents qu’il y a un siècle, en raison de l’expansion des mêmes espèces (comme le pigeon biset ou l’étourneau sansonnet).
Conséquences socio-économiques : sécurité alimentaire et conflits humains

La défaunation a des répercussions directes sur les moyens de subsistance de millions de personnes :

    Pêche et chasse : 350 millions de personnes dépendent de la pêche artisanale pour leur alimentation. L’effondrement des stocks de poissons (comme en mer de Chine, où 90 % des espèces commerciales sont surexploitées) menace leur sécurité alimentaire.
    Tourisme : En Afrique, le déclin des « Big Five » (lion, léopard, éléphant, buffle, rhinocéros) pourrait faire perdre 25 milliards de dollars par an à l’industrie du safari, selon la Banque mondiale.
    Conflits ressources : La raréfaction du gibier pousse les communautés locales à braconner dans les aires protégées ou à surexploiter les dernières espèces disponibles, créant des tensions. Au Cameroun, la disparition des antilopes et des singes a accru la chasse aux grands singes (gorilles, chimpanzés), accélérant leur extinction et augmentant les risques de zoonoses (comme Ebola ou le VIH, issus de contacts avec des primates).
    Culture et identité : Pour les peuples autochtones, la disparition d’espèces emblématiques (comme le caribou pour les Inuits ou le jaguar pour les peuples amazoniens) représente une perte culturelle irréparable, liée à leurs mythes, rituels et savoirs traditionnels.

Un point de non-retour ?

La défaunation n’est pas un phénomène linéaire : elle atteint des seuils critiques au-delà desquels les écosystèmes basculent vers des états appauvris et irréversibles. Par exemple, la disparition des derniers 10 % d’une espèce de prédateur peut suffire à déclencher l’effondrement d’une chaîne trophique entière. Les scientifiques parlent de « dette d’extinction » : de nombreuses espèces sont déjà condamnées à disparaître, même si les pressions s’arrêtent aujourd’hui, en raison de la fragmentation de leurs habitats et de leur faible diversité génétique.
Pourtant, des solutions existent avec 1°) la restauration écologique, comme la réintroduction d’espèces clés telles que les loups à Yellowstone ou les castors en Europe, a produit des résultats impressionnants en quelques décennies ; avec 2°) les corridors biologiques, tels que le projet Paseo del Jaguar en Amérique latine, permettent de relier les fragments de forêt pour assurer le déplacement et la survie des grands félins ; avec 3°) les pratiques agricoles peuvent évoluer grâce à l’agroécologie, qui favorise la rotation des cultures et réduit l’usage des pesticides, aidant ainsi au retour des populations d’insectes et d’oiseaux - on pensera en France, aux mesures agroenvironnementales qui ont permis un regain partiel des oiseaux dans les champs - et avec enfin 4°) la protection stricte des zones critiques, comme les points chauds de biodiversité à Madagascar ou dans les forêts du Congo, est essentielle pour préserver des espèces uniques.

Cependant, ces mesures nécessitent une volonté politique mondiale et un changement radical de notre rapport au vivant. Comme le souligne l’IPBES, la défaunation n’est pas une fatalité, mais le résultat de choix économiques et sociaux. Son inversion dépendra de notre capacité à reconnaître la valeur intrinsèque des espèces – au-delà de leur utilité pour l’homme – et à repenser notre place dans les écosystèmes.